Akiyuki żyje na wyspie Sentan, miejscu, któremu udało się zachować status wolnego i pokojowego państwa w świecie pochłoniętym wojną między północnym a południowym rządem. Wszystko zmienia się, kiedy Akiyuki natuka się na tajemniczą, białowłosą dziewczyną, która wypełnia jego ramię straconymi wspomnieniami i mocą Xam'd.
Jako obdarzony ową mocą, Akiyuki sieje zniszczenie, dopóki nie uspokaja go obca, czerwonowłosa dziewczyna o imieniu Nakiami, zabierając go na swój pocztowy statek. Akiyuki musi nauczyć się panowania nad swoją mocą i użycia jej przeciwko najnowszej broni północnego rządu, zwanej 'Humanforms'. Podróżując na okręcie po świecie, bohater ma nadzieję wrócić kiedyś do domu, ale w międzyczasie zaprzyjaźnia się z innymi pasażerami na statku.